V kaplnke sú pochovaní arcibiskupi

Keď Turci po svojej víťaznej bitke pri Moháči (1526) postupne obsadzovali južné oblasti uhorského kráľovstva, stal sa Prešporok hlavným mesto krajiny a sídlom arcibiskupa, ktorý už nemohol používať svoju historickú rezidenciu v Ostrihome. Mestský farský chrám svätého Martina, sa stal na niekoľko storočí korunovačným chrámom uhorských kráľov ale aj miestom posledného odpočinku svetských i cirkevných hodnostárov.

Každá nová generácia sa snažila chrám, dobudovaný na konci 15. storočia, a jeho zariadenie prispôsobiť svojmu vkusu a svojim potrebám. Vznikali nové oltáre, náhrobné epitafy, lavice. Na začiatku 18. storočia sa ostrihomskí arcibiskupi snažili čo najnádhernejšie vyzdobiť chrám, ktorý sa stal, hoci nie oficiálne, ich dočasnou katedrálou. Arcibiskup Imrich Esterházy (1663 - 1745) pozval v roku 1729 do Prešporku sochára rakúskeho pôvodu Georga Rafaela Donnera (1693 - 1741), aby ho poveril novým umeleckým zariadením dómu.

Arcibiskup sa rozhodol v predĺžení severnej lodi chrámu, na mieste zbúranej poschodovej gotickej stavby, pravdepodobne sakristie, postaviť prepychovú barokovú kaplnku. Mala byť miestom definitívneho uloženia relikvií maloázijského svätca Jána Almužníka, ktorého pozostatky sa po obsadení Konstantinopolu (dnešného Istanbulu) Turkami dostali do Budína, a odtiaľ ich zase pred Turkami previezli do Prešporku. Hlavným dôvodom výstavby kaplnky však bola hrobka, do ktorej si želal byť arcibiskup Esterházy pochovaný.

Na južnej stene kaplnky je umiestnená vo výklenku jeho socha, ktorá je súčasne jeho náhrobkom. Arcibiskup je znázornený kľačiaci vo chvíli modlitby pred oltárom. Kaplnku vysvätili 28. októbra 1732. Okrem sochárskej výzdoby kaplnky (niekedy sa v literatúre celá architektúra kaplnky považuje za Donnerovo dielo) postavil neskôr Donner v chráme ešte hlavný oltár s centrálnym súsoším svätého Martina so žobrákom (1735), bočný oltár zázračnej Piety (1738), dodal sochársku výzdobu kanonických lavíc. Arcibiskup, jeho predchodcovia ako aj jeho nasledovníci sú v hrobke pod kaplnkou svätého Jána Almužníka doteraz pochovaní. Kaplnka počas korunovácií na konci 18. a na začiatku 19. storočia poslúžila ako miesto dočasného uloženia korunovačných insígnií uhorských kráľov.

V 70. rokoch 19. storočia chrám regotizovali a odstránili z neho skoro všetky stopy barokovej dekorácie vrátane hlavného oltára. Kaplnku ušetrili. Ako jediná dáva dnes návštevníkom predstavu o tom, ako vyzeral interiér chrámu v čase, keď sa v ňom pohybovala Mária Terézia.