Trasa tunela pod riekou má dva varianty

Modernizácia infraštruktúry železníc v Bratislave v rámci projektu TEN-T predpokladá aj vybudovanie tunelov na území hlavného mesta. Tie majú byť významnou súčasťou nosného dopravného systému.

Prepojenie železničných koridorov TEN-T na území hlavného mesta je súčasťou budúcej európskej magistrály číslo 17, na trase prechádzajúcej mestami Paríž, Štrasburg, Štutgart, Viedeň a Bratislava. Prínosom z celoeurópskeho hľadiska je skrátenie železničného prepojenie medzi južnou a severnou časťou Európy. Zahŕňa aj priame zapojenie letiska M. R. Štefánika na železničnú sieť.

Prepojenie znamená vytvoriť novú dopravnú tepnu mesta podzemným železničným spojením medzi existujúcimi železničnými stanicami Bratislava - Predmestie a Bratislava - Petržalka. Na trase budú vytvorené tri nové podzemné stanice. Prvá bude v časti bývalej stanice Bratislava - Filiálka, druhá stanica sa bude nachádzať medzi Medickou záhradou a Karadžičovou ulicou a tretia v priestore Dostojevského radu.

Trasa tunela bude vedená v smere od železničnej stanice Bratislava - Predmestie na petržalskú stranu a je riešená variantným spôsobom. Jeden variant je takmer totožný so severojužnou trasou nosného systému mestskej hromadnej dopravy. Má viesť pod Karadžičovou ulicou a Dostojevským radom a koryto Dunaja má pretnúť západne od novej budovy Slovenského národného divadla pod komplexom Eurovea. Trasa druhého variantu má viesť východnejšie, medzi budovou Všeobecnej úverovej banky a Autobusovou stanicou Mlynské nivy. Pod rieku sa zapúšťa v oblasti východne od novej budovy SND.

V Petržalke sa trasa tunela otáča na západ a napája sa na existujúcu železničnú trať. Končí sa v blízkosti budúceho komplexu Digital park II. Za korytom Dunaja je zároveň miesto, kde sa rozvetvujú koľaje, čo umožní napojenie petržalskej trasy nosného systému MHD priamo do tunela.

Tunel je v úseku od stanice Bratislava - Predmestie po dnešnú Šancovú ulicu projektovo navrhovaný ako dvojkoľajný, budovaný hĺbením zhora v otvorenej stavebnej jame. Od Šancovej ulice až na petržalskú stranu bude trasa vedená v dvoch jednokoľajných tuneloch budovaných razením.